神经影像学面临一个实际的标准问题:扫描仪生成复杂的文件,但每个实验室对受试者、会话、任务和元数据的组织方式各不相同。共享数据意味着在运行任何分析之前都要进行自定义清理。

BIDS 的巧妙之举是标准化文件系统本身。数据集变成了诸如 subjects 和 sessions 之类的文件夹,文件名由预定义的键值部分组成,以及普通工具可以编辑的附属 JSON 或 TSV 元数据。

这使得采用具有累积效应。验证器可以标记缺失的元数据,BIDS 应用可以假定一种输入布局,而 OpenNeuro 等存储库可以摄取数据集,而无需为每个实验室发明数据库接口。

将含义放入路径中

它重用了神经影像学中已经常见的文件格式,而不是强制转换为新的容器。

键值文件名语法让软件无需打开单独的元数据系统就能推断含义。

验证器将约定变成了可测试的契约。

扩展让社区能够添加 EEG、MEG、PET 和其他模态,而不会破坏原始布局。

当数据保留在人们已经使用的文件中,并且约定足够严格以便机器验证时,研究标准传播得更快。

BIDS 成为广泛神经影像生态系统的组织层。该项目报告了 40 多项技术规范、100 多个样本数据模型、2,000 个开放数据集和 300 多名贡献者,而 2016 年的《Scientific Data》论文一直是权威引用。

从这里,追溯依据

参考来源

  1. BIDS Impact BIDS · bids.neuroimaging.io
  2. The brain imaging data structure, a format for organizing and describing outputs of neuroimaging experiments Scientific Data · nature.com ·