解決策
神経画像には実用的な標準化の問題があった。スキャナは複雑なファイルを生成するが、各ラボは被験者、セッション、タスク、メタデータをそれぞれ異なる方法で配置していた。データの共有には、分析を実行する前のカスタムのクリーンアップが必要だった。
BIDSはファイルシステム自体を標準化するという巧妙な一手を打った。データセットはsubjectsやsessionsといったフォルダ、あらかじめ定義されたキーと値の部分から組み立てられたファイル名、そして通常のツールで編集できるサイドカーJSONやTSVのメタデータになった。
これにより採用が累積的に進んだ。バリデータは欠落したメタデータを指摘でき、BIDS Appsは単一の入力レイアウトを前提とでき、OpenNeuroなどのリポジトリはラボごとにデータベースインターフェースを発明することなくデータセットを取り込むことができた。
達成したこと
意味をパスに埋め込む
うまくいった理由
新しいコンテナへの変換を強いるのではなく、神経画像で既に一般的だったファイル形式を再利用した。
キーと値のファイル名の文法により、ソフトウェアは別のメタデータシステムを開くことなく意味を推測できた。
バリデータが慣習をテスト可能な契約に変えた。
拡張により、コミュニティは元のレイアウトを壊すことなくEEG、MEG、PETなどのモダリティを追加できた。
応用できること
研究標準は、データが人々が既に使っているファイルのままであり、その慣習が機械が検証できるほど厳密であるときに、より速く広がる。
その後
BIDSは広範な神経画像エコシステムの整理層となった。プロジェクトは40以上の技術仕様、100以上のサンプルデータモデル、2,000のオープンデータセット、300人以上の貢献者を報告しており、2016年のScientific Data論文は標準的な引用文献であり続けている。
出典をたどる
出典
- BIDS Impact BIDS · bids.neuroimaging.io
- The brain imaging data structure, a format for organizing and describing outputs of neuroimaging experiments Scientific Data · nature.com ·