FASTAの1行ヘッダーがプレーンテキスト配列をバイオインフォマティクスの標準にした

1980年代半ば、配列データは個々のプログラムやデータベースに結び付いた形式で蓄積されていたため、あるツールから別のツールへ配列を移すのは困難だった。ウィリアム・ピアソンとデイビッド・リップマンのFASTA検索プログラムには、取り違えようのないほど単純な形式が同梱されていた。「>」で始まる1行が配列の名前と説明を担い、その後の行が1文字コードで表された配列そのものである。

この形式の規則は最小限にとどまった。GenBankを運営するNCBIは、定義行（defline）を「>」に続く一意のSeqIDと任意のソース修飾子と定義し、配列自体は複数行にまたがることができ、IUPACの文字のみを用いる。ファイル全体がプレーンテキストであるため、解析には行リーダー以上のものは不要である。この形式のドキュメントは、その単純さゆえにテキスト処理ツールで配列を容易に操作できると述べている。

このほぼゼロの導入コストが功を奏した。FASTAはバイオインフォマティクスにおけるほぼ普遍的な標準となり、主要な配列アーカイブ全体でデータベース検索や投稿に受け入れられ、後に登場したFASTQなどの形式は、それを置き換えるのではなく、その慣習の上に直接築かれた。

「>」ヘッダーと平文の文字が配列を共有可能にした

プレーンASCIIなので、あらゆるテキストツールが読み書きできる

「>」ヘッダー1行が、あらゆるデータベースが必要とする識別子を担う

動作するFASTA検索ソフトウェアとともに提供されたため、導入に別途の働きかけを要さなかった

NCBIやその他の公開アーカイブが投稿入力として受け入れる

使うコストがほぼゼロのとき、形式は勝つ。行リーダーのようなごく単純なツールで解析できるなら、誰かが世界を説得しなくても導入は広がる。

FASTAはデータベース検索や投稿の既定の形式であり続け、その慣習はシーケンシングリード用のFASTQへと拡張された。また、類似性検索に今なお使われるFASTAアラインメントプログラム群の源ともなった。