FASTA의 한 줄 헤더가 평문 서열을 생물정보학의 표준으로 만들었다

1980년대 중반, 서열 데이터는 개별 프로그램과 데이터베이스에 묶인 형식으로 쌓여 있었기 때문에 서열을 한 도구에서 다른 도구로 옮기기가 어려웠다. 윌리엄 피어슨과 데이비드 리프먼의 FASTA 검색 프로그램은 잘못 알아볼 수 없을 만큼 단순한 형식을 함께 내놓았다. '>'로 시작하는 한 줄이 서열의 이름과 설명을 담고, 그 뒤의 줄들은 단일 문자 코드로 된 서열 자체이다.

이 형식의 규칙은 최소한으로 유지되었다. GenBank를 운영하는 NCBI는 defline을 '>' 뒤에 고유한 SeqID와 선택적 출처 수정자가 오는 것으로 정의하며, 서열 자체는 여러 줄에 걸칠 수 있고 IUPAC 문자만 사용한다. 파일 전체가 평문이기 때문에 이를 구문 분석하는 데는 줄 읽기 기능 이상의 것이 필요 없다. 이 형식의 문서는 그 단순함 덕분에 텍스트 처리 도구로 서열을 쉽게 다룰 수 있다고 밝히고 있다.

이 거의 0에 가까운 도입 비용이 일을 해냈다. FASTA는 생물정보학에서 거의 보편적인 표준이 되었고, 주요 서열 아카이브 전반에서 데이터베이스 검색과 제출에 받아들여졌으며, 이후의 FASTQ 같은 형식들은 이를 대체하기보다 그 관례 위에 직접 구축되었다.

'>' 헤더와 평범한 문자로 서열을 공유할 수 있게 되었다

평문 ASCII이므로 어떤 텍스트 도구든 읽고 쓸 수 있다

한 줄의 '>' 헤더가 모든 데이터베이스에 필요한 식별자를 담는다

작동하는 FASTA 검색 소프트웨어와 함께 배포되어, 도입에 별도의 캠페인이 필요 없었다

NCBI와 다른 공공 아카이브가 제출 입력으로 받아들인다

형식은 사용 비용이 거의 0일 때 이긴다. 줄 읽기 기능처럼 사소한 도구로도 구문 분석할 수 있다면, 누군가 세상을 설득하지 않아도 도입이 퍼진다.

FASTA는 데이터베이스 검색과 제출의 기본으로 남아 있으며, 그 관례는 시퀀싱 리드용 FASTQ로 확장되었다. 또한 유사성 검색에 여전히 쓰이는 FASTA 정렬 프로그램 계열의 출발점이 되었다.