案例库 · 研发与科研 · 技术决策 · 1985–1988
FASTA一行式头注使纯文本序列成为生物信息学标准
Lipman和Pearson在1985年推出的FASTA格式，在序列前加一个“>”头注并使用纯文本字母，其简洁性使其成为生物信息学近乎通用的交换格式。
美国国立卫生研究院（NIH）
解法
在20世纪80年代中期，序列数据以各种与程序或数据库绑定的格式大量积累，导致很难在不同工具间转移序列。William Pearson和David Lipman的FASTA搜索程序附带了一种简单到不可能混淆的格式：以“>”开头的一行承载序列的名称和描述，其后的每一行都是单字母编码的序列本身。
格式规则保持极简。NIH下属的GenBank将defline定义为“>”后接一个唯一SeqID和可选的来源修饰符，而序列本身可以跨行，且只能使用IUPAC字母。由于整个文件是纯文本，解析它只需一个行读取器——格式文档指出这种简洁性使得使用文本处理工具操纵序列变得容易。
近乎为零的采用成本立下了功劳。FASTA成为生物信息学中近乎通用的标准，被主要序列档案库接受用于数据库搜索和提交，后来的格式如FASTQ直接在它的约定上构建，而非取代它。
生效的原因
- 纯ASCII意味着任何文本工具都能读写它
- 单个“>”头注行携带了每个数据库所需的标识符
- 它附带了功能可用的FASTA搜索软件，因此采用无需单独推广
- NCBI和其他公共档案库接受它作为提交输入
取得的成效一个“>”头注加上纯文本字母使得序列易于共享利落
可借鉴之处
一种格式在采用成本趋近于零时获胜：如果像行读取器这样简单的工具就能解析它，那么无需任何说服，采用自然会扩散。
后续进展
FASTA仍然是数据库搜索和提交的默认格式，其约定被扩展用于测序读长的FASTQ格式。它还孕育了一系列FASTA比对程序，至今仍用于相似性搜索。
资料来源
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